李奇淵,丹麥科技大學(xué)獲博士學(xué)位,后又在美國(guó)哈佛醫(yī)學(xué)院從事博士后研究,期間,以共同第一作者身份在Nature Medicine上發(fā)表了論文。
擔(dān)任廈門(mén)大學(xué)健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)國(guó)家研究院副院長(zhǎng);同時(shí)擔(dān)任廈門(mén)大學(xué)附屬第一醫(yī)院兒科科研外聘主任,支持兒科智能化研究。以第一作者和通訊作者的身份在Cell、Nature communication、Cancer Research、EBioMedicine等國(guó)際知名期刊上發(fā)表論文。
李奇淵教授主要致力于生物信息統(tǒng)計(jì)方面的研究,目前的主要研究方向包括:
1. 運(yùn)用統(tǒng)計(jì)學(xué)模型從遺傳多態(tài)性,體細(xì)胞變異,表觀基因組學(xué)和基因表達(dá)等多組學(xué)數(shù)據(jù)中尋找與腫瘤分型,預(yù)后,靶向治療敏感性等臨床特征有關(guān)的決定因子并解釋其調(diào)控機(jī)制;在此基礎(chǔ)上建立基于多組學(xué)關(guān)聯(lián)的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模型,應(yīng)用人工智能方法發(fā)現(xiàn)新的腫瘤驅(qū)動(dòng)基因。
2. 基于圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的跨細(xì)胞系染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),利用GCN框架預(yù)測(cè)跨細(xì)胞系Hi-C數(shù)據(jù)和表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)(Expression Quantative Trait Loci, eQTL)。
3. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組算法研究:基于K-means和Louvain的大型單細(xì)胞聚類(lèi)算法;基于最小無(wú)偏代表點(diǎn)(MURP)的降采樣算法;基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的時(shí)間分化軌跡研究;基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的空間重構(gòu)。
4. 利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)研究母胎界面免疫微環(huán)境中T淋巴細(xì)胞演進(jìn)路線的重建及其轉(zhuǎn)錄調(diào)控;利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)研究吸煙對(duì)于肺癌免疫微環(huán)境的影響。
5. 基于無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前檢測(cè)(NIPT)的體細(xì)胞突變圖譜與腫瘤的關(guān)聯(lián)性研究。
廈門(mén)市醫(yī)保定點(diǎn)醫(yī)藥機(jī)構(gòu)布局規(guī)劃專(zhuān)項(xiàng)業(yè)務(wù),本項(xiàng)目應(yīng)用網(wǎng)格化地理信息管理和大數(shù)據(jù)技術(shù),實(shí)現(xiàn)對(duì)廈門(mén)市參保人口醫(yī)保資源有效供給的精準(zhǔn)化評(píng)價(jià)和管理,對(duì)廈門(mén)市新增定點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)和藥店的地理設(shè)置提供實(shí)時(shí)評(píng)估和咨詢(xún);向醫(yī)保管理部門(mén)和社會(huì)提供實(shí)時(shí)精準(zhǔn)的資源呈現(xiàn),為醫(yī)保定點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)存量管理和增量規(guī)劃提供統(tǒng)計(jì)依據(jù)。